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脱氧核糖核酸指纹:黑虎虾系统

罗素·里昂(Russell Lyons)博士 莉安·迪伦斯(Leanne Dierens) 汤姆·迪克森(Tom Dixon)博士 李玉涛博士 奈杰尔·普雷斯顿博士

正确父母的识别率可达98%和92%

脱氧核糖核酸
脱氧核糖核酸双色球中奖概率技术可以帮助进行血统追踪和家庭评估,以确保黑虎虾的选择性繁殖计划有效。

像大多数水产养殖物种一样,虾是通过选择性育种获得快速收获的理想人选。它们的高繁殖力产生了广泛的基因库,可以从中选择优秀的表演者。 

虾类育种计划中的关键问题之一是如何在不对动物进行物理双色球中奖概率的情况下,追踪谱系并评估其在公共环境中的家庭和家庭群体的相对表现。分子双色球中奖概率使生产者可以在监测近交的同时最大程度地提高选择性育种的收益。  

最近驯化的黑虎虾,(斑节对虾),将允许开发该物种的选育计划。然后可以利用DNA双色球中奖概率技术进行谱系跟踪和家族评估,以确保选择性育种有效。 

脱氧核糖核酸指纹图谱

使用微卫星的DNA指纹技术在遗传学领域具有广泛的应用,包括对遗传变异性的研究,近交,亲本分配,物种和品系鉴定以及高分辨率遗传连锁图谱的构建。它们通常由两个,三个或四个核苷酸的重复DNA序列组成,可以重复六到100次。 

微卫星通常对生产特性没有直接影响,已被广泛用于众多牲畜和水产养殖物种的育种计划中。一旦双色球中奖概率被充分表征以确定等位基因的数目和大小范围,它们也可以被多重化以创建指纹“面板”,从而许多双色球中奖概率(通常是5到10个)都被不同的荧光染料双色球中奖概率,但同时被评分。因此,多路复用系统可节省大量时间和金钱。 

设计注意事项

为了设计一个坚固的 斑节对虾 在澳大利亚对虾水产养殖业用于DNA指纹识别的微卫星双色球中奖概率系统中,作者选择对所使用的微卫星双色球中奖概率的类型强加一些严格的标准。这些双色球中奖概率必须易于评分,并且在不同遗传群体之间具有一致的扩增能力,并且必须适合多重系统。 

通过接触澳大利亚水域的野生动物和泰国的养殖动物,作者对上述标准进行了评估,从而为农场应用生成了可重现,低成本和高通量的系统,例如亲鱼多样性评估和追踪高性能育种家庭。 

评估先前存在的双色球中奖概率

在研究之前,已经有184个假定的微卫星用于 斑节对虾 在公共DNA数据库中。这些微卫星双色球中奖概率主要是为了研究遗传种群结构而开发的,并未用于多重系统。超过三分之二的微卫星含有二核苷酸重复序列。 

为了满足评分的第一个标准,作者选择忽略所有二核苷酸微卫星,而只关注三核苷酸和四核苷酸重复序列。具有二核苷酸重复序列的微卫星双色球中奖概率因表现出“口吃”条带而臭名昭著,该条带使计分变得复杂且准确性较低。选择双色球中奖概率的其他考虑因素是侧翼序列是否适合引物设计以及预期的产物大小在100-350 bp之间。 

在184个公开可用的双色球中奖概率中,只有19个被认为适合进一步评估。作者在由15只虾,10只来自澳大利亚水域和5只来自泰国的小虾组成的小组中测试了这些双色球中奖概率。七个双色球中奖概率没有扩增澳大利亚虾,反映了它们的起源(即使用亚洲种群开发的)。保留了十二个以供进一步评估。 

新的微卫星

由于只有12种公共微卫星双色球中奖概率值得进一步研究,因此作者决定分离新双色球中奖概率。在获得的42个独特的三核苷酸和四核苷酸微卫星序列中,在小动物面板上评估了八个序列。七个双色球中奖概率物看起来很有前途,并保留用于进一步评估。

设计多重系统

接下来,在较大的93只澳大利亚和64只泰国对虾小组中分别评估了19个候选双色球中奖概率,以研究等位基因的大小范围和数量,其易扩增性和等位基因识别的可靠性。在研究时可用的多重技术意味着有三种荧光染料可用于双色球中奖概率双色球中奖概率。

染料可以使用一次以上,只要没有两个用相同染料双色球中奖概率的双色球中奖概率具有重叠的大小范围即可。根据荧光染料的大小范围和相容性,将13个双色球中奖概率组合为两个分别具有6个和7个双色球中奖概率的多重系统,如图1所示。

脱氧核糖核酸
图1:两个微卫星系统的示意图。每个条形图代表一个微卫星双色球中奖概率(基因座)的大小范围和染料颜色。还显示了具有不同大小和颜色的条带(等位基因)的典型凝胶图像。

正在进行的研究

随着系统的开发,作者开始认真地将其应用于农场应用。识别父母并为合适的家庭和家庭群体分配池塘饲养的后代的能力是当前工作的主要重点。

使用来自已知家庭的120只动物进行的“盲”坦克试验表明,可以以98%和92%的准确率识别正确的父母。这是一个非常有希望的结果,它为在农场中选择高性能家庭开辟了道路,而无需使用昂贵的替代方案,例如单独饲养一个家庭/一组家庭或给动物贴标签。

其他活动包括评估和监测澳大利亚驯化黑虎虾相对于野生种群的遗传多样性,评估商业池塘内的家庭结构和动态,以及比较澳大利亚和国际不同种群之间的遗传多样性。 斑节对虾.

(编辑’注意:本文最初发表于2008年3月/ 4月的 全球水产养殖倡导者


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