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黑虎虾的基因组Ihhn相关的DNA序列

J.A.布罗克,DVM Nathene Antonio. 布拉德争论,博士。

DNA序列与OIE列出的IHHN病毒诊断引物反应

基因组
图。1:可能在其后代内392F / R PCR阳性反应器的可能蒙古父母329F / R IHHN相关基因组序列的实例。

感染性下注和造血坏死病毒(IHHNV)是世界动物健康组织(OIE)水上代码中列出的八种可报告的甲壳类动物病原体之一。在一些国家,如果聚合酶链反应(PCR)试验在养殖或进口的活虾样品中的IHHNV阳性,则应用排斥和调节措施。

在506篇文章中发表于病毒研究,DRS。 Kathy Tang和Donald Lightner报道了Penaeus·莫登虾的基因组内Ihhnv相关的DNA序列的发生。虾从澳大利亚,西部地区和非洲东海岸的地方收集了虾。

在2012年在线版的水生动物诊断试验手册中,作者表示,IHHNV认为有三种不同的基因型。类型1和2是传染性病毒,而3型是非传染性的,并且通过常规PCR测试是非感染性的,可识别,其检测存在于基因组中存在的IHHN相关的DNA序列 P. Monodon。

本文的目的是提供关于地理范围的额外文件 P. Monodon. 在使用推荐的引物的PCR试验中可以预期与IHHN相关的基因组DNA序列,以及提供额外的信息,证明序列是根据孟德尔的分离定律从其父母的后代继承的。

多种分布

Moana Technologies,LLC的封闭群 Penaeus Monodon. - 在美国夏威夷夏威夷的莫纳核育种中心(NBC)中,由来自原来的野生成人的成人创始人父母从南海,安达曼海,孟加拉湾和孟加拉湾和孟加拉湾和孟加拉湾的后代取出几代代代非洲东海岸在印度洋。相关的基因组序列是Moana的常见功能 莫登 shrimp.

作为Moana Monodon中的IHHN相关基因组序列的“典型”分布模式的一个例子,表1中提出了使用一系列IHHNV引物的PCR测试结果列表。所呈现的数据是20个子的随机样本成人Moana Monodon从Moana NBC的一个成长坦克,保存了Ihhnv感染后的后舱样品 Litopenaeus vannamei. 来自亚洲的孵化场,以及美国亚利桑那大学的水产养殖病理组织的IHHNV阳性对照质粒。

钢铁,PCR试验结果概述五个IHHN引物,表1

样本一代性别SMP-DNASYBR / ABP BICIMIhhnv.(309F / R)Ihhnv.(389F / R)ihhnv(392f / r)Ihhnv.(77012/77353)ihhnv sybr / abp
A1f4Fpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A2f6Mpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A3f4Fpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A4f6Fpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A5f4Mpos。pos。否定。pos。pos。否定。否定。
A6f5Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A7f6Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A8f5Fpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A9f5Fpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A10f6Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A11f6Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A12f6Mpos。pos。否定。pos。pos。否定。否定。
A13f6Fpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A14f6Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
A15f6Mpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A16f6Fpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A17f5Mpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A18f6Fpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A19f5Mpos。pos。否定。否定。pos。否定。否定。
A20f6Mpos。pos。否定。否定。否定。否定。否定。
B1L.V.N.A.pos。pos。否定。pos。pos。pos。pos。
Ihhnv.-阳极控制
(质粒)
Ihhnv.-阳极控制
(质粒)
N.A.N.A.pos。pos。pos。pos。pos。pos。
表1. 5个IHHN引物的PCR试验结果摘要(309F / R,389F / R,392F / R,77012/77353,Aquabounty IhHNV)和两个质量控制DNA引物(SMP-DNA和Aquabounty Bactim)。来自20个子成人的组织样品 Penaeus Monodon. (A1-A20),Ihhnv阳性样本 Litopenaeus vannamei. (B1)和IHHNV阳性对照(质粒)。

2009年的数据显示了七种常规引物的PCR反应状态。包括两个质量控制引物,SMP-DNA虾肌底漆和内部DNA引物组,以及SYBR IHHNV Kit Bactim引物。五个IHHNV引物中的四种在OIE水生手册中列出了适用于检测IHHNV的水生手册。第五个是商业IHHNV KIT底漆,SYBR / ABP IHHNV套件。

注意,对于Moana Monodon样品,50%的虾是对392F / R引物的反应器,10%是PCR阳性的389F / R引物,除309F / R,77012/77353或SYBR中没有PCR阳性/ ABP用于IHHNV的KIT引物。通常,作者发现,用389F / R引物为PCR阳性的个体虾也与392F / R引物阳性。所有20 Moana Monodon组织样品对于两种质量控制引物是阳性的,这表明提取的DNA的质量适用于预期的PCR试验目的。

另一方面,注意到后塔的单一样本 L. Vannamei. 施用的五种IHHNV引物是PCR阳性,如IHHNV质粒阳性对照样品一样。这 L. Vannamei. 样品对于两种虾DNA质量控制引物也是阳性的,其在Penaeid虾的基因组中靶向保守的DNA序列。

遗传DNA

这些PCR测试数据表明,从印度 - 太平区收集的创始虾衍生的Moana Monodon后代具有基因组IHHN相关的DNA序列,其与OIE列出的IHHNV诊断392F / R和389F / R引物反应。因此,如果在单独或串联用于检测IHHNV感染时,请注意对IHHNV进行常规PCR测试结果的解释对IHHNV的解释 P. Monodon..

还要注意表1的数据 L. Vannamei. 样品,其显示预期的PCR试验反应谱来自组织中的IHHNV的样品。注意所有IHHNV PCR引物的阳性PCR试验结果。该实施例显示了与Moana Monodon PCR测试结果所证明的虾组织与无病毒没有病毒的虾组织之间的差异。

测试结果模式清楚地,在不存在IHHNV的情况下,不存在完整的病毒基因组。如果不存在病毒基因组,则病毒本身并不存在。在解释PCR试验结果时,使用已知在莫登虾的基因组内天然发生的引物进行PCR试验结果的告知。

DNA遗产

为了追求假设序列在莫登森虾中的基因组织,没有与实际IHHNV的存在无关,作者进行了一系列研究,以评估来自个体产卵的后代392F / R DNA的遗传模式男性和女性父母虾。

通过PCR测定法从父母生成的父母生成的父母的单个蛋白质被取样和测试。[592F / R相关的DNA序列。假设是至少一个父母内发生的392F / R IHHN相关的DNA序列将继承在后代虾中,并且后代的分布模式将符合孟德尔的偏析定律(图1)。

表2中提出是来自Moana育种者的三种单独产卵的PCR试验结果。数据表明,根据偏析的定律遗传了392F / R IHHN相关序列,因此与PCR试验引物反应的DNA必须在父母的基因组内。这些DNA序列从父母到后代原义地通过。

Brock,示例演示了392F / R IHHN相关的DNA序列如何从父母到后代,表2

例1例1例1例1例1例1例1例1例1例1
P1家族的父母
f6-xxx
SMP-DNA309F/R389F/R392F/RCHI广场F6-XXX统计。
n = 43
CHI广场F6-XXX统计。
n = 43
CHI广场F6-XXX统计。
n = 43
女性pos。否定。否定。否定。类别观察到的预期的% 预期的Chi方值= 0.581
男性pos。否定。否定。pos。积极的2421.550P = 0.45
消极的1921.550
例2.例2.例2.例2.例2.例2.例2.例2.例2.例2.
P1家族的父母
f5-xxx
SMP-DNA309F/R389F/R392F/RCHI广场F5-XXX统计。
n = 50
CHI广场F5-XXX统计。
n = 50
CHI广场F5-XXX统计。
n = 50
女性pos。否定。否定。pos。类别观察到的预期的% 预期的CHI方值= 0.286
男性pos。否定。否定。pos。积极的4950.0100p = n.a.
消极的100
例3.例3.例3.例3.例3.例3.例3.例3.例3.例3.
父母的父母
P1家庭
f5-xxx
SMP-DNA309F/R389F/R392F/R
女性pos。否定。否定。pos。类别观察到的预期的% 预期的CHI方值= 0.286
男性pos。否定。否定。pos。积极的3331.575p = 0.593.
消极的910.525
表2.实施例证明,根据孟德尔的隔离定律,术语表明392F / R IHHN相关的DNA序列如何从父母转到后代。

测序分析Moana已将纯化DNA的样品提交392F / R引物的样品,并从琼脂糖凝胶中切除,用于在Manoa夏威夷大学的太平洋生物科学研究中心生物技术核心进行测序分析。然后使用基本的本地对准搜索工具(BLAST)进一步分析通过电子邮件接收的测序结果。

选择的样品来自代表单独的虾用于Moana Monodon繁殖群中的四个遗传股。从16个个体耳胚虾和16个不同家族中收集的组织样品用于开发表3中提出的结果。

Brock,NCBI相关基因组序列的提交说明表3

NCBI Blastn登录号描述
EU675312.1.Ihhnv.孤立AU2005
EU675313.1.Ihhnv孤立的Weipa(南澳大利亚州),911 ns2蛋白基因
AY124937.1.从东非,非结构蛋白1和蛋白质基因的Ihhnv孤立
AY362547.1.来自泰国的Ihhnv,非结构蛋白1和2
AY355307.1.距离台湾的Ihhnv孤立
AY590120.1.来自澳大利亚的Ihhnv,非结构蛋白1和2基因
表3. Moana Monodon组织样品中鉴定的IHHN相关基因组序列的NCBI提交描述。

注意,对于具有IHHN相关的基因组DNA序列的Moana Monodon,Blastn登录号结果与具有传染性IhHNV的组织样品的底座次数不同(表4)。序列分析结果进一步支持所测试的DNA在莫登基因组DNA和IhHNV DNA之间的DNA非常不同。

rock,ihhnv序列的提交描述,表4

NCBI Blastn登录号描述,原产地
AF218266.2.ihhnv完成基因组
EF633688Ihhnv孤立,福建
AY355308.1.Ihhnv孤立,台湾C
AY355306.1.ihhnv孤立,台湾a
AY362548.1.来自厄瓜多尔的Ihhnv,非结构蛋白
AF273215.1.Ihhnv.非结构蛋白1和2
AY590121.1.1.1.Ihhnv,新喀里多尼亚
表4.在保存的样本中确定的IHHNV序列的提交说明 L. Vannamei. 来自亚洲的后达拉夫。

应用程序

在2013年,在基因组中存在IHHN相关的序列 P. Monodon. 过去七年是公众知识。尽管如此,作者认为,持续讨论了关于基因组中的IHHN相关的DNA序列 P. Monodon. 可以帮助让人们更好地了解这种不规则性,并接受使用392F / R和389F / R引物的PCR阳性测试以使IHHNV的测定本身意味着虾感染IHHHNV。正如在OIE水生手册中所建议的,需要额外的实验室工作来澄清在PCR试验中积极反应的DNA的来源。

此外,作者认为,392F / R阳性PCR试验反应的DNA序列的源位置不应基于389F / R PCR试验的应用,因为它们的发现表明,个体莫登虾可以具有基因组DNA序列用这两个PCR引物套装素质。

第二点是,当虾中存在IhHNV时,所有PCR引物通常反应并显示来自样品中提取的DNA的阳性测试结果。这意味着当存在感染性IHHNV时,还存在用于病毒的DNA。

然而,当不存在感染性IHHNV时,但是虾具有与相关序列的基因组DNA,对于所用五种PCR引物组,不会发现阳性PCR结果。简单的解释是没有存在“活”或传染性病毒,因为在样品中不存在病毒基因组,并且整个病毒基因组必须存在于待存在的感染性和复制病毒。

第三点是,发表的文献中可能存在关于不同基因组类型的传染性IHHNV的分类的误差,因为在学习中,使用从P. Monodon收集的组织样本进行分析工作。与IHHN相关的存在相关DNA序列是P. Monodon的基因组DNA的一部分。因此,如果两个来源(病毒和宿主)有助于制备分析的样品的提取的DNA,则假设在PCR试验中产生的序列的原点仅是IhHNV的序列的起源是不可靠的。

(编辑’说明:本文最初发表于2013年9月/ 10月印刷版 全球水产养殖倡导者。)