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链接Kuruma大虾的映射

李玉涛博士 凯伦·伯恩 伊曼纽拉(Emanuela Miggiano) 薇琪·汗 斯蒂芬·摩尔 西格丽德·莱纳特(Sigrid Lehnert) 桑迪凯斯 彼得·克罗科斯(Peter Crocos) 博士 奈杰尔·普雷斯顿 博士

研究人员使用AFLP双色球中奖概率,两阶段选择性基因分型

 虾肉大虾
尽管黑马虾是重要的养殖品种,但其遗传改良工作进展缓慢。

黑马虾(日本对虾) 是东南亚和澳大利亚的重要养殖品种。与其他水产养殖物种和大多数陆生牲畜相比,其驯化和遗传改良相对较慢。主要的障碍是野生虾亲虾和幼体的现成供应,对虾生殖生物学的了解不足以及对遗传改良潜力低的认识。 

在许多生物物种中具有DNA双色球中奖概率的遗传图谱的快速发展为寻求更充分地解决细胞,发育和进化过程提供了广阔的前景。

分子双色球中奖概率

使用分子双色球中奖概率(例如微卫星),多态性DNA的随机扩增以及片段长度多态性(AFLP)双色球中奖概率的遗传双色球中奖概率在一些水产养殖物种中已经取得进展。其中包括大西洋鲑鱼,channel鱼,虹鳟鱼,罗非鱼,牡蛎和黑虎虾。

与其他物种相比,对虾物种的遗传定位和定量性状位点(QTL)检测非常缓慢,部分原因是难以从高度重复的DNA基因组中生成合适的定位家族和丰富的微卫星双色球中奖概率。 AFLP技术已成为克服后一种问题的替代双色球中奖概率系统。

制图研究

为了确定影响生长的Kuruma对虾的QTL,作者采用了一种映射策略,该策略涉及一组养殖对虾大小分布的极高和极低之间的杂交。选择了一个中间的F2家族,即HH x LL的F1和HL x LH的F2,以生成遗传图谱。

在最近的研究中应用了两阶段选择性基因分型作图策略。初始阶段涉及使用54对AFLP引物组合在家族大小的顶部和底部6%的46个子代上进行连锁作图。连锁分析显示近70%的基因组覆盖率。对人群的初步双色球中奖概率-性状关联研究表明存在潜在的QTL双色球中奖概率。

为了增加基因组覆盖范围并以高统计可信度验证双色球中奖概率-性状关联,对第二代的连锁作图工作是对102个子代进行了分型,方法是使用相同的54个引物对同一家族的另外56个子代(顶部和底部8%)进行基因分型从第一阶段开始就基于框架图进行组合。

结果

在第一阶段的46个子代中计分的535个多态性片段中,有355个以1:1的比例分离,对应于一个亲本中杂合的DNA多态性,而另一亲本中则是无效的。其他154个双色球中奖概率遵循3:1的孟德尔偏析比。在第二阶段的56个子代中得分的502条带中,有359条以1:1的比例分离,而有138条以3:1的比例分离。

当两个阶段的分离比例为1:1的双色球中奖概率(总共401个)组合时,将217个双色球中奖概率排序为父本图的43个连锁组(1780 cM),将33个连锁组(1026 cM)中的125个双色球中奖概率排序产妇图(表1)。

李,第二阶段关联图的摘要统计量,表1

统计
双色球中奖概率总数251150
映射的双色球中奖概率数(链接到至少一个其他双色球中奖概率)227125
链接组 4331
每组平均双色球中奖概率数5.34
每组最小双色球中奖概率数22
每组最大双色球中奖概率数108
平均双色球中奖概率间距(cM)9.6810.9
最小连接长度(cM)0.05.1
联动组最大长度(cM)102.778.4
基因组总覆盖率(cM) 1,780.8 1,026
表1.一个家庭的第二阶段链接图的摘要统计信息 日本对虾 (102个后代)。

 

连锁双色球中奖概率之间的图分离或平均重组频率约为10%,刚好在寻找中性双色球中奖概率与QTL之间关联的经验法则极限之内。与该物种的43条染色体的单倍体数目相比,这项研究实现了总的高基因组覆盖率。然而,双色球中奖概率在基因组的大连锁群中是密集的,而在其他基因组中则更广泛地分开。雄性亲本中更多多态性双色球中奖概率的存在导致雄性图谱中更高的表观基因组覆盖率。

作者确定了潜在的地区。 日本对虾 cus 在决定生长性能中起作用的基因组。从男性连锁图中鉴定出两个QTL区域。

记录来自作图科的后代的性别并将其作为双色球中奖概率。在102个人中,女性为54,男性为48。有趣的是,性别被紧密地映射到女性地图的链接组中。在母本而非父本地图上确认性别相关双色球中奖概率,导致了一个有趣的论点,即雌性可能是这种虾物种中的异配性。

当前的链接图是第一个将性别双色球中奖概率映射到母亲图上的链接图。它有可能最终在甲壳动物中产生决定性别的基因序列。

(编辑’注意:本文最初发表于2004年2月的 全球水产养殖倡导者


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