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在沙特阿拉伯确定了新的WSSV,TSV基因型

唐嘉 卡洛斯·R·潘托佳 唐纳德·莱特纳(Donald V.Lightner)博士

经常监测野生亲鱼来发展SPF虾

沙特阿拉伯
尽管成年人的胃部放大了组织学切片 印度对虾 虾显示了诊断为白斑综合症病毒感染的核内包涵体的实例。照片由Carlos Pantoja提供。

病毒病原体给全世界虾类养殖业造成了巨大的经济损失。其中,白斑综合症病毒(WSSV)和Taura综合症病毒(TSV)都具有极强的毒力,感染可能导致养殖虾种群中的高死亡率。在2010年至2011年期间,沙特阿拉伯王国同时发现了WSSV和TSV,这严重影响了印度白虾的生产(印度对虾).

为了更好地了解沙特阿拉伯这些病毒的起源和传播,作者应用了分子基因分型技术来表征从感染人群中收集的病毒分离株。 WSSV 基因分型基于ORF125(每个重复单元69 bp)和ORF94(每个重复单元54bp)内的串联重复序列(VNTR)分析数量可变。对于TSV基因分型,衣壳蛋白2(CP2)编码区的序列在分离物中有所不同,已用于系统发育分析。

在他们的研究中,作者应用VNTR分析来表征15个沙特阿拉伯分离株中的WSSV基因型,并进行了系统发育分析,以确定8个TSV分离株是否与先前确定的群体聚类。

WSSV 基因分型

用引物ORF125-侧翼F / R进行了聚合酶链反应(PCR)测试,并用652、722或792bp的特异性扩增子检测了全部15个样品。结果显示了三种重复单元:6、7和8(表1)。用引物ORF94-F / R进行的VNTR分析还发现了三种重复单元:7、13和缺失。

唐,重复单元数,表1

隔离 ORF125中的重复单位ORF94中的重复单位
SA/1067
SA / 11-1 813
SA / 11-2 813
SA / 11-3 813
SA / 11-4 813
SA / 11-5 813
SA / 11-6 7 删除中
SA / 11-7 7 删除中
SA / 11-8 7 删除中
SA / 11-9 7 删除中
SA / 11-10 7 删除中
SA / 11-11 7 删除中
SA / 11-12 7 删除中
SA / 11-13 7 删除中
SA / 11-14 7 删除中
表1.从沙特阿拉伯农场分离的WSSV的ORF125和ORF94中发现的重复单元数。

根据这些结果,作者初步设计了WSSV基因型,其ORF125-ORF94中的重复单元数均为{6125, 794}, {7125 ,del 94 }和(8 125, 1394}。下标数字表示特定ORF中的重复数,而“ del”代表删除。

硅通孔 分析

对于TSV基因分型,提取8个分离株的RNA,然后在CP2区域内进行RT-PCR扩增。扩增产物的测序发现八个TSV序列非常接近,平均距离为0.7%。沙特阿拉伯TSV与1994年收集的参考夏威夷隔离株具有90.0%的同一性。

作者通过构建系统发育树来确定其基因型,该树将沙特阿拉伯分离株与其他地区的36个分离株进行了比较。结果揭示了五个主要的TSV谱系(图1)。所有八个沙特阿拉伯隔离群都聚集在一个独特的群体中,与伯利兹,东南亚,委内瑞拉和墨西哥的现有群体分开。沙特阿拉伯血统得到了大力支持,这些分离株似乎起源相同。

沙特阿拉伯
图1:Taura综合征病毒。基于衣壳蛋白2氨基酸序列的系统发生树。序列名称由隔离的国家/年份指示。

观点

在确定沙特阿拉伯农场中WSSV的起源方面,WSSV的基因分型数据并未证明特别有用。基因型为{6的六个分离株中125, 794 }和{8 125, 1394},它们在每个ORF的数量都在报告的亚洲和拉丁美洲分离株变异性的范围内。其他9个WSSV分离株均为新发现的基因型:{7125 ,del 94},表明它们起源于一个常见但来源不明的来源。

在某些疫情中,病毒的来源可以通过基因分型分析以及活体或商品市场对虾引进的历史来确定。 ORF94缺失的沙特阿拉伯基因型与其他地理区域的基因型不同。已知至少有一个本地农场引进了野生成虫 印度对虾 来自红海的亲鱼,所以这可能是新的WSSV变种的起源。

在沙特阿拉伯发现的新的TSV基因型与目前在东南亚和拉丁美洲发现的TSV分离株不同。这表明,沙特阿拉伯的TSV来源可能不是通过进口虾类引入的,就像在其他地区看到的那样。

受影响的农场彼此靠近,因此,如果在一个农场发生病毒性疾病暴发,该疾病很容易被海鸟传染到附近的农场。两种新的WSSV和TSV都在相同的农场中发现,并且可能来自相同的来源,即红海。

因此,要排除这些病毒,建议经常使用敏感的诊断工具(例如PCR)监测野生亲鱼,以开发出无病原体的特异性虾,并最终选择对TSV具有抗性的虾 印度对虾 .

(编辑’注意:本文最初发表于2012年5月/ 6月的 全球水产养殖倡导者